É possível adicionar o número da nota fiscal a um pagamento em diferentes momentos, veja como fazer isso:
Em um novo pagamento manual
Acesse a página de pagamentos:
Clique no botão "novo", no canto superior direito da tela;
Clique nova tela que abrir, clique opção "Fiscal e Imposto";
Informe o número da nota fiscal no campo "Número da NF";
Preencha todos os campos e clique em salvar.
Em um pagamento já existente
Acesse a página de listagem de pagamentos:
Selecione o período que deseja filtrar e clique em "buscar";
Clique em cima do registro que deseja editar;
Clique no ícone de lápis, no canto superior direito da tela, e selecione "editar";
Clique opção "Fiscal e Imposto";
Informe o número da nota fiscal no campo "Número da NF";
Clique em salvar.
Via upload de planilha
Na planilha que irá subir na plataforma, adicione uma coluna chamada "Número da Nota Fiscal". O tipo da colune deve ser número para que a plataforma o interprete corretamente.